https://www.thermofisher. com/kr/ko/home/industrial/spectroscopy-elemental-isotope-analysis/molecular-spectroscopy/ultraviolet-visible-visible-spectrophotometry-uv-vis-vis/uv-vis-vis-instruments/nanodrop-microvolume-spectrophotometers/nanodrop-products-guide.html핵산과 단백질 정량화를 위한 Micro-Volume UV-Vis분광 광도 모두 www.thermofisher.comhttp://afrontier.net/laboratory/product/item2.php?it_id=1586324500PDF Print DNA/RNA/260 nm/280 nm정도 알고 쓰겠다고!*제품의 상세 표시 http://www.afrontier.net/laboratory/product/item.php?it_id=1529473280*제품 문의 02-2140-3363| [email protected] DNA?RNA?260 nm?280 nm?이것은 알고 사용, 핵산 정량 이해하기 우리는 샘플만 넣으면 바로 결과 값을 제공하는 핵산 정량용 흡광 측정 장치와 매우 익숙하다. 그러나 이 측정 원리를 정확히 이해한다. afrontier.net나노 드롭은 Nucleic acids(ng/㎕), 260/280 ratio, 260/230 ratio 값을 표현해주는 기계입니다.
사용법은 아마 많은 분들이 아시다시피 1.5㏄ 정도를 기계에 떨어뜨리면 흡광도를 기반으로 위의 내용을 측정하고 정량화하는 기계입니다.
DNA를 prep하면 이 과정을 통해서 충분히 이루어졌는지 평가할 수 있습니다.
사용 전 control 값과 DNase-RNase Free Water를 이용하여 찍어주게 됩니다.
그 후 시료를 넣으면 가격이 나오게 됩니다.
참고로 나는 사용 전후에 DNase-RNase Free Water를 이용하여 닦아준 후 사용하고 있습니다.
그리고 시료 넣을 때 피펫을 2단까지 하게 되면 기포가 생기기 때문에 주의해야 합니다.기계를 시작하면 어떤 종류의 DNA를 측정하고 싶은지 선택하게 됩니다.
아마 대부분의 DNA가 ds(double stranded) – DNA일 거고 이걸 고르시면 돼요.
다른 종류를 선택하는 정도라면 아마 이 포스팅의 내용은 다 알 정도의 전문가 이실이라고 생각합니다.나노 드롭은 260nm, 280nm, 230nm의 파장을 이용하여 결과값을 산출합니다.
DNA는 260nm로 빛의 흡수도가 가장 높은 것으로 알려져 있고 나노드롭도 260값을 기반으로 DNA를 정량화합니다.
즉 Nucleicacids(ng/γ)는 γ당 얼마나 핵산이 함유되어 있는지를 나타내는 것으로 결과 농도에 prep한 DNA solution volume를 곱해서 총 DNA량을 구할 수 있습니다.
단백질, 유기용매, 오염물질 등은 280nm로 높은 흡수도를 보이고 260/280 ratio가 낮다는 것은 3가지로 인해 DNA purify가 낮다고 해석할 수 있습니다.
230nm의 경우 Phenol 등에 의한 오염도를 확인함으로써 260/280 ratio가 낮다는 것은 유기용매에 의한 오염이 발생했음을 알 수 있습니다.
이런 설명은 제 포스팅보다 다른 분들의 글을 보거나 회사에서 제안하는 설명서가 자세히 나와 있습니다.
그래서 지금부터는 제 경험담을 얘기해볼게요.우선 260nm, 280nm, 230nm에서 수행되는 측정은 약간 모순적입니다.
그 이유는 DNA, 단백질, 유기용매 등이 다른 파장에서도 검출된다는 점입니다.
특히 저파장에서 더 많이 검출된다는 것이지 저파장에서만 검출되는 것은 아닙니다.
나노 드롭 결과 그래프만 봐도 금방 이해가 될 것 같아요.
내가 DNA extraction하는 방법으로 사용하는 시약 중 하나는 흡광도가 280nm보다 260nm로 흡광도가 높습니다.
이것은 260/280 ratio를 낮추는 것이 아니라 증가시켜 버립니다.
즉, 오염도가 높아질수록 결과가 개선되는 것처럼 보인다는 것입니다.
그래서 내가 말하고 싶은 것은 나노 드롭을 믿지 말라는 것입니다.
그냥 참고사항으로만 보는게 낫다는거죠. 두 번째는 DNA 농도가 20ng/ᄇᄃ 低い보다 낮을 경우 결과 variation이 크고 경고 표시가 생깁니다.
그리고 260/280 ratio 260/230 ratio도 정말 이상하게 나와요.
결과를 믿지 마세요.
아! 그리고 만약에 농도가 너무 낮아서 고민하시는 분들은 DNA prep 할 때 마지막 DNA buffer 양을 줄이는 게 좋습니다.
예를 들어 DNase-RNase freewater를 평소에 50ᄊ다 場合 사용했을 때 30ᄋᄅ 減らす に로 줄이면 개선할 수 있습니다.
물론… total 용량은 같지만…ㅠ 마지막은 qubit 4.0이라는 방법의 소개입니다.
이 방법은 ds-DNA에 특이적으로 결합할 수 있는 형광물질을 넣고 나서 형광량을 측정함으로써 손상된 ds-DNA도 측정할 수 있고 매우 작은 크기의 ds-DNA를 측정할 수도 있습니다.
나노 드롭으로 측정한 결과보다 1/4~1/10만 검출되는 것만 봐도 나노 드롭 결과가 DNA의 양을 매우 과대평가하고 있음을 알 수 있습니다.
아니면 qubit 4.0이 안 잡힐 수도… 그래도 저는 나노드롭을 계속 쓸 것 같아요.
물론 교수님이 바꿀 생각이 없는 것도 있지만, 이 기계만큼 편리한 것도 없기 때문입니다.
다만 여러분이 DNA를 나노 드롭으로 측정할 때 오류가 발생할 수 있다는 점을 반드시 인지한 상태에서 실험해야 한다는 것을 꼭 말씀드리고 싶습니다.
괜히 삽질할지도 몰라요… http://m.blog.naver.com/kdw8125/222908112626221023 수정나노드롭때문에 결과해석도 너무 힘들어서 제가 조사해서 담당자분께 들은 내용 공유할게요… m.blog.naver.com
수정사항이 있어 링크 첨부합니다.